方法一：用原始土壤濕式培養微生物菌法

原始土壤100公克，米糠100公克，糖蜜（或黑糖）1公斤，放入20公升水(自然山泉或地下水，若為自來水則要放隔夜去氯），攪拌後用蓋子輕蓋，放置7日即可。

方法二：用原始土壤乾式培養微生物菌法

原始土壤100公克，米糠100公克，新鮮乾竹葉100 5把，100公克水中加一匙糖蜜（糖廠有賣，5加碖或25加碖裝）或黑糖拌均備用。 先用手將前3項以順時針方向拌均，並慢慢加入糖蜜水，直至濕度適中即可（上課時曾示範)，拌好後用麻布包起折成四方型，並註明地點日期，放置陰涼處（勿日曬或淋雨），待7日後即成。

方法三：用已培養好的乾竹葉微生物菌濕式再繁殖法

用一把約 100 公克已培養好的乾竹葉（上已長滿白色菌絲），100公克米糠，糖蜜1公斤，放入20公升水中拌勻，加蓋放置7日即成。

方法四：用已培養好的濕式微生物菌水再繁殖法

用 1 公升已培養好的微生物菌水，100 公克米糠，1公斤糖蜜，加入20公升水中，拌勻放置7日即成。

採集及繁殖微生物菌的注意事項：

尋找離農田車程不超過 1 個半小時的森林，高度勿太高，有 10 年以上未有汚染的原始土壤。 尋找陰涼潮溼的樹蔭下，或傾倒的樹幹（有時樹心已腐化成土）下，撥開落葉，地上有一層深褐色的鬆輭腐植土， (一小撮土中即有上百萬個微生物菌)有時已長出白色菌絲，用手捧起200 公克（若量不夠則 100 公克）放入拉練袋中帶回。

在實驗階段建議採集 20-30 不同的微生物土壤，勿擱置太久並日曬。 在袋上註明日期及地點。建議每一種菌土先用乾式繁殖法培養，7日後再取 100 公克做成濕式繁殖法。 乾式是保留日後可再繁殖（可保留 10 年）， 濕式（可保留 6 個月）則可立即使用到農田。 先做成乾式的目的在觀察微生物菌的繁殖狀況，若7日後打開上有一層白色菌絲，表示培養情況良好。若變黑褐色，長綠色黴菌或潮濕發臭，則是不好的菌或方法錯誤，丟棄勿用。

12 小時之後請開蓋觀察微生菌的繁殖狀況並拍照。 最先有氣泡的表示厭氧菌活性較強，每 12 小時拍照一次，可觀察繁殖狀況，最久到第5 天 桶中糖蜜應分解完畢，若還有氣泡表示菌的活性太弱。7 日之後桶中表面浮一層奶油狀的米白色的真菌，厚薄表示好氧菌的多寡，越厚的真菌越多。若是培養放在水田中的微生物菌，拌勻後不需每曰攪拌，可培養較多的厭氧菌。 若要培養放置果園蔬菜園的微生物菌，則可每日攪拌或用管子每日打氣泡進去，以培養較多的好氧菌。

因不同的原始土壤的微生物含量不一，因此建議若第一輪先用原始土壤培養，則 20 公升桶中微生物的含量會不同，可以從各桶中再取1公升微生物菌水，再加米糠，糖蜜再做第二輪，7 日之後每一桶中的微生物含量則趨一致。用原始土壤培養微生物菌，最多只能複製 3 次，3 次之後菌的活性會減弱，不宜再複製。

將採集來的原始土壤培養之後，找出其中活性最強的數桶菌水，若取 1 公升依上述方法再複製 20 公升，其餘 19 公升菌水可依需要直接用來繁殖乾式培養微生物菌法。 用菌水（1 公升摻入一匙糖蜜）直接混和乾竹葉加米糠（需大量乾竹葉），做成乾式以便保留。若用100 公克原始土壤培養微生物菌，第一輪得 20 公升，第 2 輪得 400 公升，第 3 輪可得 8000 公升，可施灑於 80 甲的農田。每一分水田需施灑10公升。

微生物菌水在插秧前施灑於水田中的目的在分解稻桿等有機質，使成肥料，微生物會滲入土壤改善土質，促成水蚯蚓的生長，及滿江紅的繁殖。 但微生物本身不是肥料，目地在改善土壤活化土地！若已插完秧，仍可施灑田中以改善土質。 假如第一次效果不顯著，可再追加一次。 已培養好的微生物菌，若效果不理想，不用丟棄，可加倍使用於田間。